相続した空き家の3,000万円特別控除｜適用要件チェックリストと2つの期限を司法書士が解説

親が住んでいた実家を相続したものの、誰も住む予定がなく空き家のまま――。いざ売却を考えたときに気になるのが、売却益にかかる税金ではないでしょうか。古い家ほど購入当時の資料が残っておらず、売却代金のほとんどが課税の対象になってしまうケースも珍しくありません。

そこで知っておきたいのが、「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特別控除の特例」、いわゆる空き家の3,000万円特別控除です。この記事では、適用要件をチェックリスト形式で整理したうえで、令和6年改正で変わった点、見落としやすい2つの期限、必要書類までを、福岡・古賀市の司法書士がわかりやすく解説します。

空き家の3,000万円特別控除とは

不動産を売って利益（譲渡所得）が出ると、その利益に対して所得税・住民税がかかります。譲渡所得は、ざっくり「売却代金 −（取得費 + 譲渡費用）− 特別控除」で計算します。相続した古い実家は購入時の契約書が残っていないことが多く、その場合は売却代金の5％を取得費とみなす取扱いがあるため、売却代金の大半が課税対象になってしまいがちです。

この特例は、そうしたケースで譲渡所得から最高3,000万円を差し引けるというものです。被相続人の所有期間を引き継ぐため通常は長期譲渡所得（税率20.315％＝所得税・復興特別所得税・住民税の合計）にあたり、仮に3,000万円分の控除がフルに効けば、税負担が数百万円単位で変わることもあります。

もともとは平成28年4月1日から始まった制度で、その後の改正で令和9年（2027年）12月31日までの譲渡まで適用期間が延長されています。使えるかどうかは要件次第ですので、次章のチェックリストで確認してください。

適用要件チェックリスト

要件は多岐にわたりますが、「①家屋そのもの」「②被相続人の住み方」「③相続後・売却時」の3つに分けて整理すると理解しやすくなります。ひとつでも欠けると適用できません。

① 家屋そのものの要件

• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること（旧耐震基準の建物が対象）
• 区分所有建物登記がされている建物でないこと（分譲マンションは対象外）
• 相続の開始の直前において、被相続人以外に居住していた人がいなかったこと（いわゆる「一人暮らし」だったこと）

② 被相続人が老人ホーム等に入所していた場合

亡くなる直前に施設に入っていたケースでも、一定の要件を満たせば対象になります。国税庁の解説（No.3307）によれば、主に次の点が求められます。

• 被相続人が要介護認定・要支援認定・障害支援区分の認定を受けて老人ホーム等に入所していたこと
• 入所の直前まで、その家屋に被相続人が居住していたこと
• 入所時から相続開始の直前まで、その家屋が被相続人の物品の保管などに使われ、事業の用・貸付けの用・被相続人以外の者の居住の用に供されていないこと
• 被相続人が主として居住していたと認められる場所が、その老人ホーム等であること

③ 相続後・売却時の要件

• 売った人が、相続または遺贈（死因贈与を含む）により被相続人居住用家屋と、その敷地等の両方を取得した相続人（包括受遺者を含む）であること。家屋だけ、あるいは土地だけを相続した人は適用できません。たとえば「建物は長男、土地は次男」という分け方をすると、2人とも特例が使えなくなります。共有で取得する場合も、家屋・敷地の双方について持分を取得している必要があります。なお、相続人でない人が特定遺贈を受けた場合も対象外です（包括遺贈は除きます）
• 相続の時から譲渡の時まで、事業の用・貸付けの用・居住の用に供されていないこと（一時的に貸したり親族が住んだりするとアウトです）
• 譲渡対価が1億円以下であること。共有者がそれぞれ売った場合や、土地を分けて複数回に分けて売った場合は合算して判定されます
• 耐震基準に適合するよう改修して売る、または家屋を取り壊して敷地を売ること
• 家屋を取り壊して敷地を売る場合は、取壊しの時まで家屋を事業の用・貸付けの用・居住の用に供していないことに加え、取壊しの時から譲渡の時まで、その敷地を建物または構築物の敷地の用に供していないこと。解体後、買主が決まるまでの間に更地を月極駐車場やコインパーキング、資材置場などに使うと（アスファルト舗装やフェンスといった構築物も含みます）、この要件に引っかかって特例が使えなくなります
• 配偶者・直系血族・生計を一にする親族・同族会社など、特別の関係がある人への売却でないこと
• 同じ家屋・敷地について、取得費加算の特例など他の特例の適用を受けていないこと

令和6年改正で変わった2つのポイント

令和6年1月1日以後の譲渡については、実務に直結する改正が2つ入っています。とくに2つ目は、知らないまま人数で分けてしまうと損をする論点です。

項目	改正前	令和6年1月1日以後の譲渡
耐震改修・取壊しのタイミング	売主が引渡しまでに完了させる必要があった	買主が譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに耐震改修または取壊しを行った場合も対象
控除額の上限	相続人の人数にかかわらず1人あたり3,000万円	その家屋等を取得した相続人が3人以上の場合は1人あたり2,000万円（2人以下なら3,000万円のまま）

1つ目の改正により、「更地にしてからでないと売れない」という制約がゆるみ、古家付きのまま売却契約を結び、引渡し後に買主が解体するという進め方でも特例を使える余地が生まれました。ただし期限内に工事が行われることが前提なので、売買契約書にその旨を明記しておくなど、不動産会社と事前に段取りを詰めておくことが重要です。

2つ目は控除枠の縮小です。たとえば兄弟3人で相続して売る場合、改正前は3,000万円×3人＝9,000万円まで控除できましたが、改正後は2,000万円×3人＝6,000万円が上限になります。「誰が相続して売るか」という遺産分割の決め方によって結果が変わるため、分割協議の段階から考えておきたいところです。その前提として、上記③のとおり家屋と敷地の両方を取得した人でなければ特例は使えません。遺産分割では家屋と敷地をセットで取得させること（共有にする場合も、家屋と敷地の双方について持分をそろえること）を必ず確認してください。

見落としやすい「2つの期限」と必要書類

この特例は確定申告をしてはじめて受けられます。控除の結果、税額がゼロになる場合でも申告は必要です。主な添付書類は次のとおりです。

• 譲渡所得の内訳書（土地・建物用）
• 売った家屋・敷地の登記事項証明書など（相続により取得したこと、昭和56年5月31日以前の建築であること、区分所有建物でないことを示すもの）
• 被相続人居住用家屋等確認書（家屋の所在地の市区町村長が交付）
• 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し（耐震改修して売った場合）
• 売買契約書の写しなど（譲渡対価が1億円以下であることを示すもの）

とくに注意したいのが被相続人居住用家屋等確認書です。これは市区町村に申請して交付を受ける書類で、電気・水道の閉栓証明書、被相続人の除票、空き家であったことを示す資料など、自治体ごとに求められる添付書類が異なります。老人ホーム入所のケースでは介護保険の被保険者証の写しなども必要になります。交付までに時間がかかることもあるので、売却の目処が立った段階で早めに市区町村の担当窓口へ確認しておくと安心です。

他の特例との関係と、前提になる相続登記

相続した不動産の売却では、似た特例がいくつかあります。よく比較されるのが次の2つです。

特例	空き家3,000万円控除との関係
相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例（相続税額の一部を取得費に加算）	選択適用。同じ家屋・敷地について両方を使うことはできません。どちらが有利かは相続税の負担額や譲渡益によって変わります
マイホーム（居住用財産）を売ったときの3,000万円控除	別の物件であれば同じ年に併用できますが、合わせて3,000万円が控除の限度とされています。売却年をずらす検討が有効な場合があります

そしてもうひとつ、実務上の大前提があります。被相続人名義のままの不動産は売却できません。買主に所有権移転登記をするには、まず相続人名義への相続登記を済ませておく必要があります。相続登記は2024年4月から義務化され、正当な理由なく期限内に申請しないと過料の対象となる可能性もあります（詳しくは相続登記の義務化の記事をご覧ください）。

相続登記から引き渡しまでの全体像は相続した不動産を売却するまでの流れで、売らずに持ち続ける場合のリスクは空き家の放置リスクと管理・売却の判断基準や固定資産税が6倍になる条件で整理しています。当事務所の空き家管理・不動産売却サービスでは、グループ会社のめんたいこ不動産と連携し、相続登記から売却まで一気通貫でお手伝いしています。

よくある質問（FAQ）

Q. 昭和56年6月以降に建てられた家でも使えますか？

A. この特例の対象は昭和56年5月31日以前に建築された家屋とその敷地に限られます。それより後に建てられた家屋は、たとえ長く空き家であっても対象外です。まずは登記事項証明書や建築確認の資料で建築年月日を確認してください。

Q. 被相続人が老人ホームに入所していた場合も対象になりますか？

A. 一定の要件を満たせば対象になります。具体的には、被相続人が要介護認定・要支援認定・障害支援区分の認定を受けて入所していたこと、入所の直前までその家屋に住んでいたこと、入所後も家屋が物品の保管などに使われ、事業・貸付け・他の人の居住に使われていないことなどが必要です。介護保険被保険者証の写しなどの資料も求められます。

Q. 相続人が3人います。控除額はいくらになりますか？

A. 令和6年1月1日以後の譲渡では、その家屋等を相続等により取得した相続人の数が3人以上の場合、1人あたりの控除額は2,000万円に縮小されます。3人であれば合計6,000万円が上限です。2人以下であれば1人あたり3,000万円のままです。

Q. 控除で税額がゼロになるなら確定申告は不要ですか？

A. 必要です。この特例は確定申告をしてはじめて適用されます。申告しなければ控除は受けられず、本来かからないはずの税金を課される結果になりかねません。譲渡した年の翌年の申告期間に、被相続人居住用家屋等確認書などを添付して申告してください。

Q. 空き家を売る前に相続登記は必要ですか？

A. 必要です。被相続人名義のままでは買主へ所有権を移転できないため、売却の前提として相続登記を済ませることになります。戸籍収集や遺産分割協議に時間がかかることも多いので、売却を検討し始めた段階で並行して進めるのが安全です。詳しくは相続した不動産を売却するまでの流れをご覧ください。

まとめ

空き家の3,000万円特別控除は、条件が合えば税負担を大きく軽くできる制度です。一方で、昭和56年5月31日以前の建築、区分所有でないこと、被相続人が一人で住んでいたこと、家屋と敷地の両方を取得した相続人が売ること、1億円以下、耐震改修または取壊し、といった要件をすべて満たす必要があり、しかも相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日と令和9年12月31日という2つの期限があります。令和6年改正で相続人3人以上の場合の控除額が2,000万円に縮小された点も、遺産分割の決め方に影響する重要な変更です。

当事務所は、相続登記・遺産分割協議書の作成・不動産の名義変更を担当し、グループ会社のめんたいこ不動産と連携して査定から売却までを一つの窓口でお手伝いしています。税額の計算や特例の最終判断は税理士・税務署の領域ですので、必要に応じて提携税理士をご紹介します。「この実家は特例が使えそうか」「期限までに間に合うか」といった段取りの相談だけでも構いません。まずは無料の相続AI診断（約3分・匿名）でご状況を整理してみてください。福岡県古賀市・福岡市周辺はもちろん、全国オンライン対応・初回相談無料です（TEL 092-688-2169）。